媒體報導監察院對檢察官侯寬仁偵辦案件頗多質疑，報導指出，侯寬仁於九十一年偵辦雲林縣廢土棄置場弊案，使用訊問語詞與案情無關，使被告產生心理威嚇壓力，侯也出現笑謔怒罵意涵不當訊問用語。
據了解，監察院針對侯寬仁偵辦雲林廢土案的調查報告中，被告張隆生的證詞是講「卵葩放在剃刀上」，這句台灣俚語是「很危險」的意思；卻被偵辦該案之侯寬仁檢察官，曲解為「表示即將東窗事發」，而遭監察院調查。
去年很轟動社會的由侯寬仁檢察官起訴的馬總統特別費案中，最後是判無罪，雖有針對不法起訴的檢察官提出控告，但至今好像也沒什麼下文；該檢察官也因起訴雲林廢土案，一如馬英九特別費案般的篡改筆錄，曲解證詞之真意，而遭監察院調查並糾正，但這也不是第一次該名檢察官遭監察院調查了，侯寬仁檢察官起訴太極門一案，當時此案可是紅遍海內外，因為將驚人的「養小鬼」這種不符合科學辦案的證據放在起訴書內，並公諸於世還輔以媒體大肆公開宣傳，記得當時臺灣還可謂之「鬼影幢幢」呢！
而侯寬仁偵辦此案時多項違法之舉也遭監察院自動調查侯寬仁偵辦太極門案所涉違法部分，並於91年3月4日提出具體報告，公布侯寬仁涉有違反偵查不公開、違法搜索、凍結資產、僭越職權等八大違法，移請法務部從嚴究責議處在案。並將該案選列於「第三屆監察院人權保障工作彙總報告」，為「保障人權重大績效之指標性案例」。而且監察院調查後確定起訴書與證據資料存有扞格矛盾及不符證據法則。但至今法務部仍未對此檢察官做出任何一絲一毫之懲處，在99年4月8日立法院司法及法制委員會全體委員會議中曾多位立法委員（田秋堇、邱毅、賴坤成、羅叔蕾、呂學樟、蔡正元……）都明顯告訴法務部曾勇夫部長：不需要再察因為監察院已經詳察只是究責議處，然而部長卻要請台高檢去詳查，而台高檢居然也可以說：無不法不當，這不是很明顯的官官相護嗎？
這名檢察官起訴如此多的案子，最終當事人都獲判無罪，有的甚至還獲得國家冤賠，這樣違法濫權的迫害人民，連現任的總統都不放過，這麼明顯違法濫訴的檢察官，難道還要讓如此違法的檢察官繼續濫權下去嗎？再下去有的只是更多受到迫害的人民，是不可能有什麼好的起訴品質、與好的檢調做為。
在馬總統鼓勵支持檢察總長黃世銘「放手雷厲掃蕩」司法多年沉痾，檢察總長黃世銘也許下諾言：（無論官員位階多高，只要有犯罪證據，一定偵辦不會放水，以端正司法風紀。）盼國家能真正給予人民的是公平正義的社會，透明公開化的行政處事。
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