遭樹黨抗議後 海軍今承諾停止砍樹、研擬生態補償計劃
21日晚間，澎湖海軍一名士兵匿名向樹黨主席冼義哲舉發「海二廠亂砍樹木」，經初步確認狀況後，樹黨當晚即發出聲明要求立即停止一切砍樹指令與行為，以及針對事件向澎湖民眾具體說明並對事件具體檢討處理決策。次日下午，海軍馬公支部發新聞稿澄清「只是修剪、沒有砍樹」，並邀媒體拍攝現場，冼義哲雖同時接到電話表明將安排入營勘查，至今卻仍未接獲進一步通知；但隨媒體公布影音照片，不但有網友質疑已非「案發第一現場」、「可能已被河蟹」外，所見畫面均是「斷頭式修剪(Tree topping)」、「腰斬」，實質上就是砍樹、殺樹的作為。此事引發樹黨、澎湖青年陣線、台灣樹人會以及多個環保團體強烈不滿，23日下午遂於國防部前召開抗議記者會，要求國防部出面負責。
海軍22日新聞稿表示，因樹根破壞基座考量人員安全所以進行樹木修剪，並未破壞樹木生長。樹黨創黨主席潘翰疆依其數十年護樹經驗判斷，海軍馬支部說詞無異於瞎扯狡辯，斷頭式修剪是國際間禁用而且不被認同的，樹葉是重要器官，截頂修剪摧毀光合作用就是處死樹木，他說：「如果斷頭就是修剪樹木，那砍人頭不就只是修剪頭髮。」
樹黨主席冼義哲強調，台灣對於樹木的維護經常有許多錯誤的觀念，很多時候以修剪為名，卻出現嚴重傷害樹木，甚至使其死亡的慘況。此案最根本的問題，在於植樹階段的評估考量與規畫，顯然有所不足，才會導致建物與老如今樹的衝突。並向勇敢揭發者表示感謝，他說：「環境是所有人的，澎湖跟地球一樣只有一個，捍衛環境就是保家衛國最好的體現。」
澎湖青年陣線執行長王南昕認為，澎湖縣政府應該加強對境內樹木的管理維護，也應該廣泛推動「護樹課程」，這次事件也希望海軍透過「補面積」的方式推動生態復育。同時，她也提到《澎湖日報》在2008年08月18日的報導就寫到澎湖縣樹木保護自治條例已經通過，但是澎湖縣政府、澎湖縣農漁局、法務部全國法規資料庫，皆找不到相關條文，導致上校或民眾，在修剪樹木上無所根據，所以要求縣政府應公布《澎湖縣樹木保護自治條例》。
台灣樹人會代表童姿翊則是提出質疑，是否因為缺乏專業技師的協助，導致軍方對修剪樹木有所誤解，讓上校在下令修剪樹木時無意的砍伐樹木？
澎湖青年陣線副執行長招有倫則是強烈呼籲：「我們要求立即讓樹黨主席冼義哲進入營區，因為海軍馬公支部曾告知樹黨主席冼義哲海二廠同意讓主席入內了解，但是至今仍沒有下文，所以我們在國防部前要求，國防部立即承諾全力支持調查，以避免海二廠有充分時間黑箱處理。」
樹黨資訊長姚胤宏表示：「我們共同訴求以生態補償為原則進行懲處，我們不希望有人在評鑑上被懲處，因為這樣的處罰對於生態與樹木保育皆無益處，我們希望若是查證屬實有疏失，則馬公支部願意以生態補償為原則，提供更多面積的空地，種上更多新樹，並承諾長期的維護樹木成長，並共同呼籲其他國軍單位遵守樹木保護之原則。」
記者會後，國防部由海軍司令部政戰副主任孫常德少將、上校組長馮國維出面，邀樹黨與各團體入部討論，並承認軍方專業知識略顯不足、認同樹保議題還需學習；雙方亦針對增設「護樹替代役」維護生態、強化專業，軍方表示將研擬討論。
孫常德少將承諾此案將報告海軍司令部，並要求日後海軍修剪樹木需更加謹慎、廣納意見，停止目前南洋杉的修剪作業，日後關於樹木修剪的作業將邀請樹黨、澎湖青年陣線與樹黨主席及公民參與。日後將與澎湖副指揮官討論砍樹後的善後，以及生態補償計劃，強調「雖有不足，但亡羊補牢」，願與公民社會共同為樹木保護盡一份力。
至於22日蘋果日報「修剪變砍伐，樹黨烏龍爆料遭海軍打臉」標題爭議，樹黨創黨主席潘翰疆表示：「蘋果日報欠樹黨與本人一個道歉與更正！蘋果日報此一報導標題『修剪變砍伐，樹黨烏龍爆料遭海軍打臉』易生誤導，「烏龍爆料」「打臉」等負面評價語彙顯指責樹黨之批評錯誤，已貶抑妨害本人與樹黨名譽，僅採信海軍單方說辭，未盡查證之責，缺乏媒體倫理。」
樹黨主席冼義哲則表示軍方此次的修剪法就是實際上在「殺樹」，但儘管如此，仍尊重媒體自主，這樣的標題也就留給讀者們去評價。
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