行政院版本的原住民族自治法爭議點
行政院版本的原住民族自治法草案，包含總則、原住民族自治區、自治區的權限、自治區居民之權利義務與族群關係、原住民族自治組織、原住民族自治區之土地與財政、原住民族自治區之教育與文化、中央與自治區、自治區間、與地方自治團體的關係以及附則等九章，其具體重點經過原民會排灣族專員送宋仙璋與種子講師莊得義，在來義鄉辦完說明會之後，族人仍然是狀況外居多，民政課長朱清雄表示：民間社團也可申請經費，協助公部門辦理類似的說明會。
總結原住民族自治法草案，大約可以歸納的爭議點如下：
1. 原住民族身份的問題
本草案不對原住民族的身份進行定義，按照其第三條的定義上來看，本草案只針對原住民族自治區、原住民族自治組織與原住民族自治籌被團體進行定義。因此，只要同一原住民族二百人以上發起成立自治團體，經向原民會登記，即可形成自治籌備團體（草案第三條、第八條）。除非原民會對於地理分散、人口較少之原住民族，認為有設立自治區之必要，可以逕為期發起並輔導設立外，國家並不介入原住民族自治區設立的問題。基本上，在本草案當中，國家不介入認定原住民身份的問題，主要原因也是因為我國已有「原住民身份法」，在該法的第二條便已經詳細規定有關原住民身份的認定標準；所以原住民族與否交由國家認定，但是這部分可能會產生的問題在於，若國家本身一開始就沒有認定其為原住民時（如噶瑪蘭族），該如何解決這個問題，本草案似乎沒有談到這個部分的問題。
2. 土地歸屬問題
由於本草案並沒有對原住民族的身份定義，僅將草案規劃成地方自治制度中的一種，因此，有關土地歸屬的問題，自然不是視同原住民之固有土地。具體證明可以從總說明與草案第六章之相關規定來說明，在草案的總說明中，強調原本各國對原住民族所推行的「同化」政策，在國際社會中已經有了變化，各國在開始珍視少數民族的文化、語言、生活方式與法制的情況下，讓原住民族自治，但是卻絲毫沒有提到究竟土地是否是原本就屬於原住民的土地，還是國家的土地，而給予原住民族自治的理由，除了前述國際社會潮流外，頂多也只是依據憲法的增修條文第十條第十二項前段有關「國家應依民族意願…」等相關條文，據此，本文認為本草案的總說明部分，仍將土地視為是國家的所有，並非原住民族固有之土地。
我們還可以在本草案第六章找到證據，在草案第六章第一節當中，專門探討所謂原住民族的土地問題，草案第七十五條探討所謂原住民族保留第的定義、第七十六、七十七條討論保留地應該移轉為自治區所有及相關補償問題，第七十八條則是探討自治區的土地利用原則；綜觀本節，雖然將原住民族的土地歸屬於自治區，但究其精神，頂多只能算是地方自治的一種，沒有因為原住民族的特別地位或者是因為這些原本是屬於原住民的土地等因素，而將土地歸由自治區管理。
3. 差異機制的形成與內涵
有關差異機制的形成，本草案的作法是推動「民族意願公投」，所謂民族意願公投，按照草案的設計就是由前述所謂的「自治籌備團體」擇定本族人民，或預定之自治區內本族居民進行公投，若公投結果得到過半數的同意即通過，通過之後一年內在舉行自治區行政區域公投，若仍過半數通過，差異機制（也就是自治區）就可以形成（草案第十至十三條）。
在差異機制的內涵上面，可以分為行政、立法與司法三個方向來談。在行政方面，草案的第三章詳細規定了自治區的權限，自治區的權限相當大，可以說是一個相當獨立的政府，包括選舉、組織、行政、財政、社福、教文、勞工行政、都市計畫、水利、衛生、醫療、環保、交通觀光、公共安權及事業經營等，都屬於自治區政府的自治權限（草案第20至22條）。在立法方面，自治區中有自治區議會，區議會可以自行制訂相關自治條例，但是自治條例的位階還在憲法與法律之下（草案第28條）。另外，在司法部分，草案第五條規定，在審理原住民族相關案件時，除尊重原住民族之慣習外，必要時得設原住民族專業法庭。
4. 與中央政府的關係
草案第四條規定：「中央法規或政策，涉及特定自治區權益者，應於作成前徵詢該自治區之意見」；同時，除了地方自治區的財源可以自行編列預算與運用外，中央政府對於自治區有財政收入不足應付其基本財政需求者，有補助之義務（第八十四條）。但是中央政府的位階在本法的設計仍然是最高的，因為不論自治事項或委辦事項，只要所辦理的事項違背憲法、法律或基於法律授權之法規，中央機關皆得報行政院命其撤銷、變更、廢止或停止執行（草案第99-100條）。
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